Η ΑΦΙΞΗ ΤΟΥ ΠΡΩΤΟΥ ΕΛΛΗΝΑ ΚΥΒΕΡΝΗΤΗ ΚΑΙ Η ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΠΟΛΙΤΕΙΑ
Ο Καποδίστριας έφτασε  στο Ναύπλιο στις 18 Ιανουαρίου του 1828 και έτυχε  θερμότατης υποδοχής. Έκτοτε αρχίζει ο κυβερνητικός Γολγοθάς του, ο οποίος θα διακοπεί βιαίως με τη δολοφονία του στις 29 Σεπτεμβρίου του 1831 στο Ναύπλιο,  στη μέση  περίπου της θητείας του.
Τη χρονιά της αφίξεως του πρώτου κυβερνήτη, και συγκεκριμένα στα τέλη του Αυγούστου του 1828, όταν αρχίζει η οργάνωση του πρώτου ελληνικού κράτους, η Κάλυμνος εντάσσεται στη διοίκηση της Σάμου που ήταν η έδρα, μαζί με την Ικαρία, την Πάτμο, τους Λειψούς, τους Αρκιούς, τη Λέρο και την Ψέριμο. Για το λόγο αυτό έφθασαν απεσταλμένοι από τον «έκτακτο Επίτροπο», προσωρινό διοικητή της Σάμου και των γύρω περί αυτήν νησιών Ιωάννη Κωλέττη. Στον Ιωάννη Κωλέττη είχε ανατεθεί από την Ελληνική Πολιτεία (αυτό ήταν το όνομα της νέας ελληνικής οντότητας) η διοίκηση της Επαρχίας της Σάμου. Αυτοί ανήγγειλαν στους Καλυμνίους την προσάρτηση του νησιού τους στη Διοικητική Περιφέρεια Σάμου. 

Μετά από λίγο καιρό ήρθε στην Κάλυμνο και ο ίδιος ο Κωλέττης με το πλοίο «ΑΘΗΝΑ» του Τσαμαδού.

  Ποιος ήταν ο Ιωάννης Κωλέττης; Ήταν Γιαννιώτης πολιτικός που διαδραμάτισε πρωταγωνιστικό ρόλο κατά την Ελληνική Επανάσταση καθώς και μετά τη δημιουργία του ελληνικού κράτους. Υπήρξε ο ιδρυτής του κόμματος  της Φουστανέλας ή του Γαλλικού Κόμματος,  καθώς και πρωθυπουργός της χώρας κατά τις περιόδους 1834-1835 και 1844-1847.

 Τον Ιωάννη Κωλέττη ακολουθούσαν στην Κάλυμνο οι: Πάνος Μοναστηριώτης, Ιωάννης Οικονόμου, Κλεομένης Λυκούργος  Σάμιος κι ο καπετάν Σταμάτης Σάμιος. Μαζί τους ήταν και ο Διδάσκαλος Καΐρης. Ο Θεόφιλος Καΐρης (από την Άνδρο),  κορυφαίος Νεοέλληνας διαφωτιστής, φιλόσοφος, διδάσκαλος του Γένους και πολιτικός, φίλος και συνομιλητής του Αδαμάντιου Κοραή. Παρενθετικά να πούμε ότι ο Καΐρης προσφώνησε τον Ιωάννη Καποδίστρια κατά την τελετή υποδοχής του Κυβερνήτη στην Αίγινα. Μαζί με όλους τους παραπάνω ήταν και ο Μάνθος Μοναστηριώτης, δηλαδή όλο το νέο διοικητικό επιτελείο, από Έπαρχο μέχρι Υγειονομολιμενάρχη.
 Όταν αποβιβάστηκαν στην αποβάθρα της Καλύμνου οι υψηλοί επισκέπτες, η υποδοχή που τους επιφυλάχθηκε  ήταν πάνδημη και μέσα σε κλίμα ανείπωτης εθνικής ανατάσεως. Συνοδευόμενοι από σύσσωμο τον καλυμνιακό λαό  κατευθύνθηκαν  στη Μητρόπολη του νησιού, την Παναγιά της Χώρας. Στο Μητροπολιτικό Ναό, χοροστατούντος του Μητροπολίτη Ιερεμία Πατελλάκη και παρόντων όλων των προκρίτων και όλου του λαού, τελέστηκε κατανυκτική Δοξολογία προς τον Ύψιστο. Έπειτα εξελέγη με ψηφοφορία δήμαρχος ο Χατζη-Ιωάννης Κασσάρας και κάποιος  άλλος ταμίας. Μετά βγήκαν όλοι στο προαύλιο. Μαζί και ο Μητροπολίτης -εν στολή-και όλοι οι παριστάμενοι ιερείς.
Αυτές οι στιγμές ήταν ανεπανάληπτες, μοναδικές. Τη γαλανόλευκη σημαία την κρατούσε με τα στιβαρά του χέρια ο Δημήτρης Καλλικάντζαρος. Την ύψωσε πάνω από την πύλη της Παναγιάς Οι κυματισμοί της έκαμαν αλλόφρονες και  έξαλλους από χαρά και συγκίνηση τους Καλύμνιους. Αιώνες περίμεναν αυτή τη στιγμή. Τη στιγμή της ΕΛΕΥΘΕΡΙΑΣ.
Τότε ανέβηκε ο Λυκούργος Κλεομένης πάνω σε ένα ύψωμα και εκφώνησε  εμπνευσμένο λόγο, του οποίου ο πρόλογος ήταν κατά λέξει: « Ουρανέ, ουρανέ! Ποίος εξαίσιος, ποίος θείος, ποίος εκπληκτικός υψούται σήμερον και κτυπά εις τα όμματά μου κυματιστός;…». Μετά την ομιλία πήγαν στο παρακείμενο κελί του Θεολόγου, όπου προσφέρθηκε γεύμα με  πλούσια ποτά και ροφήματα.
Από την επομένη δρομολογήθηκαν οι διαδικασίες για το νέο διοικητικό σχήμα του νησιού. Μέχρι τότε υπήρχε δημογεροντία, η οποία συνέχισε να υπάρχει και κάτω από τις νέες συνθήκες. Ο προσωρινός επίτροπος της ελληνικής πολιτείας  συνεργαζόταν με τη  δημογεροντία επί όλων των τοπικών θεμάτων. Ο πρώτος προσωρινός διοικητής της Καλύμνου ήταν ο Πάτμιος Δημήτριος Αλεξάνδρου. Έφτασε στο νησί στις 8 Σεπτεμβρίου του 1828. Η θητεία του διήρκεσε μέχρι τον Απρίλιο του 1829, γιατί αρρώστησε βαριά και επέστρεψε στην Πάτμο κοντά στους δικούς του. Πέρα από την πολιτική ασκούσε και την αστυνομική, τη δικαστική και τη σωφρονιστική εξουσία. Η νέα διοίκηση του νησιού οργανώθηκε από τον Αλεξάνδρου ως εξής:
Έπαρχος ο Ζαχαράκης, τελώνης ο Πρώιος, υγειοαστυνομολιμενάρχης ο Μάνθος Μοναστηριώτης, ειρηνοδίκης ο Μιχαήλ Μαζάρης. Αξίζει ακόμη να σημειώσουμε ότι τον υγειοαστυνομολιμενάρχη Μάνθο Μοναστηριώτη διαδέχτηκε στην Κάλυμνο, το 1829, ο Αναγνώστης Κανάρης, αδερφός του Κωνσταντίνου Κανάρη, μεγάλος αγωνιστής κι αυτός, που έλαβε μέρος ως πυρπολητής στο πλήρωμα του μικρότερου αδερφού του Κωνσταντίνου κατά την πυρπόληση της τουρκικής ναυαρχίδας στη Χίο (1822), της τουρκικής ναυαρχίδας στην Τένεδο (1822), της τουρκικής κορβέτας στην Αγία Μαρίνα Μυτιλήνης (1824) και της φρεγάτας στη Σάμο (1824).